Según datos del ECDC, la resistencia de las bacterias a los antibióticos sigue siendo un problema grave para la salud pública en la UE. La resistencia a las cefalosporinas de tercera generación aumentan en E.coli y K.pneumoniae, asi como la resistencia combinada a las cefalosporinas y otros grupos antimicrobianos importantes. Un uso prudente de los antibióticos y un control exhaustivo de las infecciones son los pilares para prevenir la selección y transmisión de bacterias resistentes.
Un nuevo sistema desarrollado en la Universidad de Auburn (EEUU) para detectar la presencia de patógenos en los alimentos y superficies, en tiempo real e in situ, permitirá minimizar la propagación de enfermedades transmitidas por los alimentos y optimizar el control de los sistemas de saneamiento y calidad de las empresas procesadoras de alimentos.
La prevención de la listerosis se basa principalmente en eliminar el agente causal, la bacteria Listeria monocytogenes, en las plantas procesamiento de alimentos.
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Los sistemas de explotación de gallinas ponedoras alternativos son cada vez más comúnes. Un estudio realizado por el Departamento de Agricultura de EEUU (USDA) analizó el impacto que tiene sobre la microbiología de la cáscara del huevo la explotación de tres razas diferentes de gallinas criadas en jaulas convencionales, en cría intensiva sin jaulas y gallinas camperas.
La tercera edición del 
La Comisión Europea ha publicado el informe final de una auditoria realizada en España para evaluar los sistemas de control de la producción y comercialización de carne separada mecánicamente. Los controles fueron, en general, adecuados, aunque no detectaron deficiencias en lo que respecta a algunas de las condiciones generales de higiene, el cumplimiento de los criterios microbiológicos y el etiquetado para los consumidores finales.
Durante 2012, la CE detectó
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