El "Informe general sobre el estado de aplicación del sistema APPCC en la UE y ámbitos de mejora" realizado en 2015 por la Comisión Europea mostró que el APPCC es una pieza clave de los sistemas de gestión de la seguridad alimentaria, y que la experiencia general de las empresas es positiva. No obstante, ciertas cuestiones siguen planteando problemas, entre ellas el concepto de flexibilidad en la aplicación del sistema.